Gellner ble født i Paris i 1925 i en jødisk familie, men vokste opp i Praha hvor han gikk på en engelsk skole. I 1939 flyktet familien til Storbritannia.
I krigens sluttfase gikk han inn i den tsjekkoslovakiske hæren, før han avsluttet sin utdannelse ved Oxford. I 1962 ble han utnevnt til professor i filosofi, logikk og vitenskapelig metode ved London School of Economics. I denne perioden hadde han et betydelig ry som filosof, men han fordypet seg også i sosialantropologien og skrev blant annet Saints of the Atlas (1969), en klassiker innen den såkalte engelske skole.
Gellner ble etterhvert også opptatt av nasjonalismen, og verket Nations and nationalism (1983) er obligatorisk for alle som er interessert i denne problematikken.
Gellner var en sterkt politisk opptatt mann, hans hat mot kommunismen stakk meget dypt, men han var heller ingen ukritisk bejubler av markedet. I boken Conditions of liberty fra 1994 argumenterer han for en effektiv og sterk stat som kan verne innbyggerne mot det han kaller markedets tyranni.
De to siste årene ledet Gellner Senteret for studier av nasjonalismen i Praha, og fant en spesiell glede ved å komme tilbake til sin barndoms og ungdoms by. Ellers vil han også bli husket for disputten med Edward Said om "orientalisme". Gellner var en meget røff polemiker og selv om han av Said og andre ble kategorisert som euro-sentriker, kan det påpekes at Gellners ambisjon først og fremst var å vise det intellektuelt uholdbare i at ideer ikke er det som leder verden. At hans form ofte førte til han ble tillagt mer ekstreme meninger enn de han står for bør ikke virke avskrekkende for dem som ennå ikke har stiftet tekstlig bekjentskap med ham. Betegnende for hans evne til å formulere seg provokativt er et utsagn fra hans besøk i Oslo i fjor, der han ble spurt om sin holdning til kvinnehistorie, hvorpå han repliserte: "Jeg har ingen faglig interesse i kvinner i det hele tatt".
Gellners forfatterskap kjennetegnes av en generøs og på samme tid skarp holdning, hans intellektuelle ryddighet er imponerende, hans produksjon er omfattende og spenner over et vidt felt, og ikke få av hans bøker er på vei til å få rollen som klassikere.